Marcin Prus karierę sportową rozpoczął w rodzinnym Starogardzie Gdańskim. Potem trafił do Rzeszowa, a stamtąd do Mostostalu-Azoty Kędzierzyn - Koźl. Z tym klubem czterokrotnie został mistrzem Polski.  W reprezentacji Polski w latach 1997–2001 rozegrał 97 spotkań.

Obecnie siatkarz współpracuje z radiem i telewizją, jest twórcą artykułów i książek o tematyce siatkarskiej. Marcin Prus odpowiadał na pytania uczniów, rozdawał autografy i pozował do zdjęć. Reprezentant Polski przeprowadził też trening z siatkarkami Szkolnego Ośrodka Siatkówki w Gimnazjum nr 2.