Prace przyniosły już kilka niespodzianek. Pierwszą z nich jest fakt, że pierwotna posadzka kościoła znajdowała się dużo poniżej dzisiejszego poziomu i została wykonana ze starannie ułożonych cegieł. Obecna drewniana podłoga pochodzi natomiast z czasów okupacji niemieckiej.

Uszkodzony podczas niemieckiego bombardowania budynek świątyni, okupanci przeznaczyli na salę kinową. Podczas remontu podniesiono poziom posadzki przez wsypanie do wnętrza gruzów zniszczonych zabudowań. Dziś światło dzienne ujrzały elementy życia codziennego sprzed 1939 roku, które przeleżały w ziemi ponad 80 lat.

Dzięki badaniom sondażowym prowadzonym na zewnątrz kościoła udało się ustalić kilka innych faktów, które nie były wcześniej znane. Na tym z pewnością nie kończy się badanie przeszłości dawnego kompleksu ss. Bernardynek. W przyszłości planowane są badania, które m.in. pomogą w ustaleniu miejsca dawnych krypt grzebalnych.